La industria del algodón sigue siendo un renglón importante para la economía global pese a la significativa reducción en el área cultivada. Hoy el sector viene recuperándose y cuenta con un escenario más favorable para un nuevo despegue gracias a un mayor uso de tecnología que busca satisfacer el mercado textil que está demandando la fibra producto de este cultivo. Las respuestas de las innovaciones están  orientadas principalmente en dos direcciones. Por un lado, a producir semillas con versatilidad en el manejo de malezas con tecnologías que le dan libertad al agricultor para controlar la vegetación espontánea  y  por otro lado, a la protección de la planta contra sus enemigos insectos.

Para el agricultor es clave hacer manejo y control integral de malezas, ya que compite como en cualquier otro cultivo por nutrientes, luz y agua. Si no se maneja esta problemática, la planta no se podría desarrollar y el potencial productivo esperado de las semillas disminuye, pero también es necesario el uso de tecnologías enfocadas en la protección y ataque de insectos, por lo que ha sido beneficios por ejemplo el uso de variedades de algodón genéticamente modificados.

El algodón transgénico que encontramos en el comercio hoy en día ha sido modificado genéticamente para que sea tolerante a los herbicidas o resistente a los insectos. De los tipos de transgénicos actualmente disponibles para producción comercial, dos ofrecen tolerancia a los herbicidas y uno es resistente a los gusanos del algodón (Bt, de Bacillus thuringiensis). El Bacillus thuringiensis es una bacteria muy común que se encuentra en el suelo y puede producir proteínas «cry». Las proteínas «cry» son tóxicas para algunos tipos de insectos (p. ej. polillas como los gusanos del algodón) que atacan el algodón, y su acción es específica a dichos insectos. Para que la proteína sea eficaz, el insecto en cuestión debe ingerir la proteína «cry» del Bacillus thuringiensis.

El algodón Bt se plantó por primera vez con fines comerciales en 1996 en Australia y los Estados Unidos. En 1997 se introdujeron variedades con genes «apilados» que ofrecen resistencia a los herbicidas y que incorporan el gen Bt. El algodón transgénico ha sido aprobado oficialmente para su uso comercial en nueve países (Argentina, Australia, China, Colombia, Estados Unidos, India, Indonesia, México y Sudáfrica) y en varios otros está en fase de experimentación, en particular en Burkina Faso. Monsanto tiene una posición dominante y controla cerca del 80% del algodón transgénico para fines comerciales.

La primera generación de algodón Bt (Bollgard I) fue diseñada para eliminar el uso de pesticidas para controlar las plagas de picudo del algodonero. La segunda generación de tecnología Bollgard tuvo la finalidad de prevenir otros daños causados por otras plagas y elimina la necesidad de fumigaciones complementarias, necesarias habitualmente para las variedades de la primera generación.

El cultivo de algodón transgénico tiene un efecto positivo inmediato sobre el medio ambiente. El algodón necesita más pesticidas que cualquier otro cultivo, pero todas las nuevas variedades creadas mediante biotecnología han sido diseñadas para reducir el consumo de pesticidas que son perjudiciales para la salud humana y ambiental.

La adopción del algodón resistente a los insectos ha traído consigo una reducción del número de aplicaciones de insecticidas y de la cantidad de insecticida que se utiliza. Sin embargo, los agricultores tienen que seguir fumigando para combatir otros insectos que son inmunes al algodón transgénico.

La mayor desventaja del algodón transgénico es el costo relativamente alto de la semilla y la tasa tecnológica. La comercialización de productos biotecnológicos requiere un largo proceso de aprobación normativa. Los países deben pagar una tasa tecnológica a los propietarios de los genes, y este requisito limita la adopción de la tecnología en los países en desarrollo, en particular. Debido a que la propietaria de los genes insertados en el algodón es una empresa privada, los países están obligados por ley a no insertar estos genes en sus variedades y comenzar a utilizarlos.

En otros aspectos la industria algodonera también cuenta con nuevas tecnologías desarrolladas para establecer un cambio de paradigma productivo. Tradicionalmente el algodón se producía con un distanciamiento de 1m entre hileras con un cultivo alto, las nuevas técnicas de manejo comprenden un cultivo mas bajo y mas estrecho, con 35cm de entre hileras. Para permitir la cosecha de este tipo de algodón se desarrolló una cosechadora de arrastre que permite levantar la producción con costos muchos menores a los tradicionales. Actualmente la máquina es comercializada por una empresa privada y diferentes gobiernos como en la Argentina la entregan a cooperativas de pequeños productores. El rendimiento de estos algodones mejoró en un 25-30% dado por la duplicación de la cantidad de plantas (de 100.000 a 200.000pl/ha) con el consiguiente aumento del número de frutos por hectárea, mientras que los ingresos mejoran por la mayor productividad y el mejor precio pagado por el producto.